Сами обвиняемые на суде не присутствовали. С ними поддерживали видеосвязь, однако суд начался без Ходорковского. Платон Лебедев заявил два ходатайства. Первое об отводе прокурора, второе об отводе судьи Степалина. По словам самого Лебедева, "решающим основанием для отвода прокурора Башмакова я считаю открытый вызов всей судебной системе Российской федерации, содержащийся в надзорном представлении заместителя генерального прокурора Гриня о том, что он вообще не собирается в любой форме исполнять вступившее в законную силу решение суда, вынесенное не в его пользу". Однако, посовещавшись, судьи оставили прокурора.
По поводу участия в деле судьи Степалина, дважды выносившего постановления о возбуждении надзорного производства, со ссылкой на практику Страсбургского суда адвокат Лебедева Елена Липцер заявила судьям, что "один из них не является лицом беспристрастным и незаинтересованным". По словам самого Лебедева, "Степалин уже связан своей собственной позицией, в результате чего объективность любого нового решения, вынесенного с его участием, будет поставлена под сомнение". Но суд отвод судье Степалину отклонил.
Следующее ходатайство заявил адвокат Юрий Шмидт, который все-таки хотел, чтобы и его клиент принял участие в заседании. Платон Лебедев дал суду справку, что видеоконференция ведется из читинского СИЗО, и доставить в это помещение Ходорковского - дело 15 минут.
По словам прокурора, в Чите с Ходорковским и Лебедевым проводился "большой объем следственных действий" и что именно там "наилучшим образом обеспечивается полнота, объективность и соблюдение процессуальных сроков расследования". Липцер на это заявила, что вопреки утверждениям прокурора, в Чите не проводилось вообще никакого следствия, в Чите нас только знакомили с результатами московских экспертиз. Адвокат Михаила Ходорковского Юрий Шмидт рассказал суду, что защита располагает десятками документов, свидетельствующими о том, что следствие всегда проводилось в Москве, и никогда – в Чите. "Каждое слово надзорного представления либо прямая ложь, либо демагогия, заявил адвокат, добавив, что генеральная прокуратура "просто вытирают ноги о судебные решения".
Ходорковский также заявил, что "совершенно очевидно, что решение о проведении следствия в городе Чите принято прокурором Гринем не самостоятельно, по очевидным политическим мотивам, именно поэтому оно и необоснованно". Между тем, Генпрокуратура Михаилу Ходорковскому иногда предоставляет некоторое предметное обоснование, почему именно Чита, а не Москва. Трижды прокурор Лахтин на заседаниях по продлению сроков содержания под стражей убеждал присутствующих, что везти Ходорковского в Москву никак нельзя, потому что перевозка эта займет восемь месяцев, что, естественно, нарушит все процессуальные сроки.
Кроме того, Ходорковский заявил о сложностях, которые испытывают его адвокаты при поездках в Читу, и на том, что их сложности – это, по сути, его сложности. "Поскольку справедливый суд, очевидно, мне не грозит, такая мелочь, как ограничение права на защиту за счет проведения моего ознакомления с материалами дела в Чите, значения не имеет. Так, всего лишь мелкое подтверждение отсутствия верховенства закона", - подытожил свое выступление Михаил Ходорковский.
Затем судьи ушли совещаться, а Ходорковский и Лебедев получили около 40 минут на разговоры. Вернувшись, коллегия удовлетворила надзорное представление замгенпрокурора Гриня. Дело вновь отправится в Басманный суд, где оно будет рассмотрено иным составом суда.
Напомним, что 20 марта 2007 Басманный суд признал незаконным и необоснованным постановление замгенпрокурора Гриня об определении города Читы местом предварительного расследования уголовного дела в отношении Ходорковского и Лебедева. Генпрокуратура заявила о своем несогласии с указанным судебным актом и отказалась его исполнять. С момента вынесения Басманным судом своего решения Генпрокуратура обжаловала его в кассационной инстанции (проигрыш) и в надзорных инстанциях (три проигрыша). Верховный суд 25 декабря стал для решения Басманного суда четвертой надзорной инстанцией.